Historie vlakového nádraží v Bohumíně sahá do první poloviny 19. století. Výpravní budova byla postavena v roce 1847 a první vlak se v Bohumíně zastavil 1. května téhož roku. Vzrůstajícím dopravním nárokům ale velmi brzy přestala vyhovovat. Proto v roce 1860 začala výstavba nové budovy v místě, kde stojí dnešní nádraží.

V letech 1902 až 1904 byla staniční budova přestavěna v novorenesančním stylu do současné podoby. V období 1938 až 1945 v areálu nedalekého depa vyrostla sedmipatrová administrativní budova. Ke konci druhé světové války ustupující německá armáda stačila totálně zničit téměř celé nádraží a zařízení. Válečné škody byly úplně odstraněny až v roce 1947. Významným mezníkem se stal 1. prosinec 1989.

Začala rekonstrukce staniční budovy, která se nacházela ve velmi špatném až kritickém stavu. Dne 31.prosince 1995 byly práce dokončeny. Další etapa obnovy pokračovala v roce 2003 s celkovou renovací.

Nádražní budova byla pro svou historickou výjimečnost výnosem Ministerstva kultury Československé republiky v roce 1991 prohlášena za kulturní památku.