Los proběhl ještě bez pohárových zástupců Plzně, Slavie, Sparty i Slovácka, a také bez Mladé Boleslavi, která na jaře vyhrála prostřední skupinu po základní části FORTUNA:LIGY. Všech pět celků zasáhne až do třetího kola.

Los 2. kola MOL Cupu pro kluby z MS kraje: Bzenec - Karviná, Kroměříž - Baník Ostrava, Kvítkovice - Třinec, Frýdek-Místek - Opava, Hlučín - Líšeň.

Zbylý los 2. kola: Chomutov – České Budějovice, Přepeře – Táborsko, Čáslav – Hradec Králové, Rokycany – Liberec, Motorlet Praha - Jablonec, Žižkov - Teplice, Benátky nad Jizerou - Varnsdorf, Ústí nad Labem - Bohemians, Velvary - Pardubice, Most-Souš - Vlašim, Mariánské Lázně - Příbram, Libčany - Dukla Praha, Zápy - Chrudim, Libišany - Jihlava, Ústí nad Orlicí - Chlumec nad Cidlinou, Soběslav - Přeštice, Domažlice - Aritma Praha, Tasovice - Prostějov, Všechovice - Vyškov, Uničov - Sigma Olomouc, Start Brno - Zlín, Rosice - Zbrojovka Brno.